Разобрался, если кому понадобится.
1. Настройки => Страны. Меняем название стран на города, лишние убираем.
2. Настройки => Поля заполняемые пользователями. Публикуем поле "Страна, virtuemart_country_id"
3. /language/ru-RU/ru-RU.com_virtuemart_shoppers.ini Меняем поле COM_VIRTUEMART_SHOPPER_FORM_COUNTRY="Страна" на Город
4. Магазин => Способы доставки. Создаем тип VM - Shipment, By weight, ZIP and countries. В конфигурациях выбираем "Город" и указываем стоимость доставки. Аналогично проделываем со всеми городами.