Блин, тема избитая и уже обсуждалась тут миллион раз.
Заходим с точки зрения бухгалтерии:
как минимум товары разного цвета имеют разные ID или Артикулы, т.е., принимая во внимание грамотную политику учета товара и продаж, являются разными товарами.
Соотв. для каждого товара делается отдельное описание с отдельными фотками. Естественно товары группируются в связку (associated/related) или в отдельную категорию. Также в описание добавляется ссылка "на такую-же, но с перламутровыми пуговицами", можно воткнуть виджет + не забываем про опцию "рекомендуем посмотреть" .
Конечно, с точки зрения админа магазина, процесс получается трудоемким, но у него есть куча плюсов:
1. SEO
рубашка клетчатая + чекбоксы(красная, зеленая) - скорее всего будет больше вылазить по СЧ.
По отдельности рубашка клетчатая красная и рубашка клетчатая зеленая - будут вылазить по СЧ и НЧ.
Да и описания товаров можно сделать отличающимия друг от друга, дабы не клеились.
2. На примере магаза по ссылке ТС - доступность большего количества визуальной и текстовой информации для посетителя. Там можно увидеть шкафчик только одного цвета и несколько обломков ДСП разных цветов, которые не дают возможности посмотреть как будет выглядеть в целом шкаф другого цвета. Хрен кто купит товар, не увидев его в конечном варианте, скорее всего покупатель пойдет искать его фотку по другим магазам и купит в другом месте.
3. Опять-таки товары разного цвета не обязательно будут стоить одинаково... например трое абсолютно одинаковых часов Seiko, одни покрыты золотом, вторые - серебром, третьи - титаном.
Ну или табуретка некрашенная, табуретка покрашенная белой краской, табуретка покрытая лаком - дрова везде одинаковые, а потом добавляется стоимость краски/лака.
4. Ну и саповодам лишняя страничка под линки не помешает вроде как... ))))
5. Не надо никому и ничего платить за разработку доп модуля.
6. Нет ковыряния в движке магаза и шабах - нет гемороя при обновлении.
7. Самое, IMHO, важное: если захотите потом перейти на другой движок и конвертнуть базу, что случается довольно часто, причем даже с теми, кто купил ассист официально, проще перенести лишние товары и прокликать ассоциации/рекомендации мышкой, чем заново прописывать структуру доп. опций к каждому товару... ну примерно вот так....
И этот список плюсов можно продолжать бесконечно.